ضمن سعي المؤسسة لتنفيذ برامجها ونشاطاتها المرتكزة أساساً على فكرة دعم صمود المواطن الفلسطيني وتعزيز حياته الكريمة، مستمدين هذه الرسالة من فكر وتراث الشهيد القائد خليل الوزير، بدأت المؤسسة برنامج "مشروع منح خليل الوزير للتعليم" وذلك مع بداية العام الدراسي 2015 – 2016، ويهدف هذا المشروع الى توفير الدعم المالي للدراسة الجامعية للفئات المهمشة والفقراء في الجامعات الفلسطينية كخطوة اولى ثم في الجامعات العربية والأجنبية. وتأمل المؤسسة في تطوير برنامج المنح لاحقاً من خلال انشاء صندوق خليل الوزير للتعليم ومأسسة العمل من خلال الصندوق الذي يتم العمل على تطوير نظامه الداخلي واليات عمله.
ويستفيد من هذا البرنامج في العام الأول 10 طلاب جامعيين موزعين بين جامعات الضفة الغربية وقطاع غزة، وبمنحة سنوية قيمتها ألفي دولار أمريكي – 2000 $– لكل طالب. وسيتم اختيار المستفيذين من هذه المنح بالشراكة بين المؤسسة والجامعات التي ينتظم بها الطلاب، وفق أسس ومعايير تعتمد بشكل رئيسي على المسح الاجتماعي للطلبة المحتاجين والتميز الأكاديمي لهم.