شعرت إسرائيل بخطورة الرجل لما يحمله من أفكار ولما قام به من عمليات جريئة ضدها فقررت التخلص منه. وفي 16 أبريل1988 قام أفراد من الموساد بعملية الاغتيال، حيث ليلة الاغتيال تم إنزال 20 عنصراً مدرباً من الموساد من أربع سفن وغواصتين وزوارق مطاطية وطائرتين عموديتين للمساندة على شاطئ الرواد قرب ميناء قرطاج في تونس، وبعد مجيئه إلى بيته كانت اتصالات عملاء الموساد على الأرض تنقل الأخبار، فتوجهت هذه القوة الكبيرة إلى منزله فقتلت الحراس وتوجهت إلى غرفته وأطلقت عليه عددا من الرصاص، واستقر به سبعون رصاصة فتوفي في اللحظة نفسها.